¿Debo encargarme de la huella de encadenamiento o el archivo XML?

No necesitas ocuparte de nada más. Tú solo nos envías peticiones en formato JSON a nuestra API, y nosotros nos encargamos del resto: te devolvemos el código QR de forma inmediata y, a partir de ahí, generamos la huella de encadenamiento, gestionamos las colas de envío y transmitimos la información fiscal a la AEAT en formato XML, firmada digitalmente con tu certificado válido.